En el Nuevo Testamento no encontramos diferencia en cuanto a los libros incluidos, pero en el Antiguo encontramos 7 libros más en la versión católica: Tobit, Judit, Sabiduría, Eclesiástico, Baruc, Iay 2ade Mácateos, además de adiciones a otros libros, como Daniel 3. 24-90 y los capítulos 13 y 14, y algunas al libro de Esther.
Cuando "San Jerónimo" compiló su versión de la Biblia, llamada la "Vulgata", llamó a estos siete libros "Deuterocanónicos", pues los consideró de segundo rango, a diferencia de los "Protocanónicos" o deprimer rango. No fue hasta el concilio de Trento, en el año 1546, cuando se estableció su definitiva inclusión dentro de la Biblia católica.
Los protestantes alegan que estos siete libros no figuran en el canon establecido en el sínodo de Jamnia en el año 90 DC, por lo cual ellos utilizan la versión de Casiodoro de Reina revisada por Cipriano de Valera, que contiene los 39 libros del Antiguo Testamento de dicho canon. Sin embargo, esta versión es del año 1569.
Es decir que ninguno de los dos grupos mayores entre los cristianos maneja versiones de los Códices antiguos. Esto sin contar la lengua de los textos, que veremos a continuación. Pues ninguno maneja los textos en sus idiomas originales o más antiguos, sea el hebreo, el griego o el latín. Todos utilizan las versiones traducidas a los idiomas occidentales.